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    GenesClouds微生物數據分析平臺

    GenesClouds微生物全基因組數據存儲分析平臺,實現微生物全基因組數據的有序存儲,提升實驗室數據管理水平;提供“一鍵式”的生物信息學分析能力。

       GenesClouds微生物全基因組數據存儲分析平臺,實現微生物全基因組數據的有序存儲,提升實驗室數據管理水平;提供“一鍵式”的生物信息學分析能力。

     

     

    一、數據存儲

    GenesClouds微生物數據分析平臺基于分布式非冗余存儲技術,實現全基因組測序數據及樣本元數據的統一化管理與權限分組設置,形成一套微生物基因組測序原始數據管理體系,解決傳統數據存儲“易丟失”、“重復存”等問題,支持基于樣品元信息標簽字段的快速檢索及樣品分組視圖的創建,實現微生物數據的安全有序存儲。將傳統的數據重復存儲問題轉為統一的數據管理,為查找數據節省時間。實現快速、專業、易用的高通量微生物數據處理分析,打破數據孤島實現實驗室之間的微生物數據互聯互通。

     

    二、數據分析

    平臺整合基因組生物信息學分析功能,包括基因組數據的質控、拼接、cgMLST、wgSNP、基因組功能注釋、耐藥基因、毒力基因鑒定識別、血清型分析等,為微生物實驗室及從業人員提供一個專業、高效、安全的數據存儲與分析平臺,為基于基因組學的多領域、跨時空的微生物精準溯源及耐藥性、致病性、毒性等識別和預測分析提供科學數據支持,通過基于特征值的快速比對,實現近緣食源性致病菌的快速識別與篩選?;诜植际竭\算架構及彈性伸縮和消息隊列技術,實現數據處理高效化、分析流程自動化、平臺操作簡單的高通量微生物數據處理分析平臺 。

     

    三、適用場景

    疾控中心、海關檢疫、市場監管機構、農業系統、高??蒲?、醫療健康、食品企業、藥品企業、第三方檢驗檢測。

     

     

    四、平臺WGS分析功能

    質控(fastqc/quast/Trimmomatic/fastp)

    拼接分析(Spades/Velvet/Unicycler/canu)

    特征基因分析(Virulence/Resistance/Serotype)

    基因組注釋(Prokka)

    菌種鑒定(Kraken2)

    分子分型(cgMLST/wgMLST/wgSNP)

    聚類分析(Dendrogram/MInimum Spanning Tree)

     

     

     

    GenesClouds微生物數據分析平臺向用戶提供以下菌種的wgMLST/cgMLST分析:

    Acinetobacter baumannii

    Brucella melitensis

    Campylobacter jejuni/coli

    Clostridioides difficile

    Enterococcus faecalis

    Enterococcus faecium

    Escherichia coli

    Francisella tularensis

    Klebsiella pneumoniae/variicola/quasipneumoniae

    Legionella pneumophila

    Listeria monocytogenes

    Mycobacterium tuberculosis/bovis/africanum/canettii

    Mycoplasma gallisepticum

    Paenibacillus larvae

    Pseudomonas aeruginosa

    Salmonella enterica

    Staphylococcus aureus

     

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