微生物數據分析綜合服務平臺
平臺概述
北京中科助騰科技有限公司是國家食源性疾病分子溯源網絡（TraNetChina）的承研運維單位;同時依托自有技術研制了自主知識產權的國產平臺，應用于公司生物信息技術實驗室。
公司擁有針對公共衛生與食品安全專業領域的基于云計算的大數據平臺，具備業務數據和菌株數據分析服務能力，與國家風評中心建立食源性疾病暴發每日監測報告常態化服務，為北京、上海、吉林、河北、浙江、福建等30余個省級實驗室和疾控中心，多家三級甲等醫院和研究院所等機構提供了數百次數據分析服務，分析全基因測序菌株數據數干條，專業能力和技術實力受到用戶的全面認可。
我公司以上述技術與平臺面向國內客戶提供微生物的PFGE分子分型數據、全基因組測序數據和擴增子測序數據等
系統功能
- 專職服務
我公司可以為每一位客戶采取專業人員專職服務的方式進行一對一數據分析服務，需求響應及時，執行流程高效。
- 數據安全
我公司作為國內業務解決方案提供商及數據分析的專業服務商，能夠提供安全的數據保全服務。
- 技術安全
我公司采用自主研制系統以及運維管控的CloudCE進行數據分析服務工作，能夠提供可靠的持續性技術保障。
- 執行效率
我公司獨立自主進行數據分析服務，通過優化配置、規范流程及技術革新，能夠在執行周期上更短，提供更為高效的服務。
分析項目
1、拼接
利用SPAdes和Velvet算法對NGS測序原始reads進行拼接，獲得高質量的基因組序列
2、wgSNP
基于近源參考基因組的高質量SNP位點分析
3、wgMLST
全基因組多位點序列分型，相較于傳統的MLST具有更高的分辨率及靈敏度，目前提供
Salmonel enterica、Staphylococcus aureus、Escherichia coli/Shiglla等25種微生物的wgMLST數據分型服務。
4、血清型預測
基于NGS測序數據的血清型預測分析
5、毒力基因分析/耐藥基因分析
利用CARD、ARDB、VFDB等數據庫對致病菌的毒力因子及致病性相關基因進行基因注釋基于WGS數據的菌種預測分析
5、種屬分析
根據用戶需求的個性化數據分析服務
6、個性化分析
