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  • 全基因組單核苷酸多態性wgSNP(Whole Genome Single Nucleotide Polymorphism)

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    全基因組單核苷酸多態性wgSNP(Whole Genome Single Nucleotide Polymorphism)

     

    主要指基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的 DNA 序列多態性。在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。即:在不同個體的同一條染色體或同一位點的核苷酸序列中,絕大多數核苷酸序列一致而只有一個堿基不同的現象。

    全基因SNP分析

    BioNumerics具有一個分析套件,可讓您檢測整個基因組序列上的單核苷酸多態性(SNP),并對所得的整個基因組SNP(wgSNP)矩陣進行聚類分析。

    SNP dendrogram

    通過適當選擇的參考序列,wgSNP可為菌株分型提供最終的解決方案!

    Sequence assembly從原始序列reads開始

    確保所研究的所有分離株的基因組序列一致的最簡單方法是將其原始序列reads與相同參考序列作圖。

    您可以在本地臺式計算機或計算引擎上執行此操作。

    過濾相關的SNPs

    除真的點突變外,觀察到的與參考的差異可能是由于例如測序錯誤或更大的插入缺失和重排。 因此,對于系統發育分析和菌株分型,僅保留相關的高質量SNP非常重要。

    BioNumerics 7.6版中提供了廣泛的SNP過濾器,涵蓋了所有可能的情況。

    SNP filters

    全新的SNP分析窗口可提供大量視覺反饋,以評估SNP過濾的效果,并能夠與序列和拼接輕松鏈接。

    方便的SNP模板

    SNP模板是一組SNP過濾器設置。BioNumerics 7.6版提供了默認的SNP模板,涵蓋了最常見的使用場景。此外,您可以創建自己的SNP模板,并針對您的研究進行優化。

    在常規應用程序中,只需單擊幾下鼠標即可創建wgSNP聚類。新的“類別差異”系數可用于wgSNP聚類分析。

    SNP distance coefficient

    和計算引擎整合

    安裝WGS tools插件以在計算引擎上執行耗時的參考映射,并將wgSNP與wgMLST結果結合在一起。

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    2020年5月11日 11:06
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