全基因多位點序列分型（wgMLST）
全基因多位點序列分型（wgMLST）
過去的15年中，多位點序列分型（MLST）已被證明可用于細菌的分子分型。傳統的MLST分析框架通常定義七個位點（管家基因），這些基因使用Sanger技術進行測序。為每個位點的唯一序列分配了等位基因編號，并根據它們的等位基因圖譜（這是七個等位基因編號的組合）確定了細菌菌株。
隨著二代測序技術提供了快速、經濟高效的細菌基因組測序方法，并逐漸取代了Sanger測序技術，傳統的MLST可以擴展到全基因組MLST（wgMLST）。由于在wgMLST中考慮了更多的位點（通常為1500 – 4000），因此可以獲得更高的分型分辨率。
與全基因組SNP分析相反，wgMLST是基于等位基因變異的概念，這意味著重組、缺失或多個位置的插入被視為單個進化事件。與僅考慮點突變的方法相比，該方法在生物學上可能更相關。
該技術的主要缺點是需要等位基因調控。在缺乏合適的自動化工具的情況下，為數千個位點維持一致的等位基因分配將是一項艱巨的任務。為此，軟件提供了自動管理工具。
Bionumerics中進行wgMLST分析
The wgMLST 管理員 and WGS tools 插件
wgMLST管理員插件提供了各種自動管理工具，可為任何選擇的生物體建立和維護wgMLST分析框架。
l 自動命名等位基因
l 自動分配序列型別
l 根據wgMLST創建子框架如MLST,、eMLST,、rMLST
l 使用質控工具
盡管只有少數人可以訪問特定于生物體的參考數據庫，但大多數用戶僅需要WGS tools插件。 該插件提供了一個全自動管道，來基于整個基因組序列數據來識別等位基因。
BioNumerics使用兩種方法來識別等位基因：
l 基于從頭拼接，然后進行BLAST搜索
l 使用不基于拼接的方法，即直接從序列的原始reads
計算引擎
在7.5和更高版本的BioNumerics中，可以在外部計算引擎上執行復雜的計算，例如從頭拼接。 您可以在幾乎免安裝的按使用量付費的云解決方案（例如通過Amazon）或本地計算機集群部署（需要自定義服務）之間進行選擇。
可以在BioNumerics內部將任務發布到計算引擎上，并檢索這些計算的結果（包括用于質量控制的參數）。只有wgMLST等位基因圖譜作為字符集存儲在BioNumerics數據庫中，從而形成了一個輕量級且響應迅速的菌株數據庫。
不同水平的分析框架
基于wgMLST分析框架中包含的位點，可以在不同級別定義（例如， 核心基因組MLST（cMLST），核糖體MLST（rMLST）等。
BioNumerics 7.5及更高版本中的字符視圖提供了一種靈活的工具，可以選擇用于軟件中存在的分型、聚類分析（例如最小生成樹）或統計測試的位點。
使用Bionumerics進行wgMLST分析的原因
Bionumerics提供了：
l WgMLST的全自動流程
l 集成計算引擎：可以基于云或本地設置
l 輕量級的樣品數據庫
l 靈活選擇位點
當前，功能齊全的wgMLST分析框架可用于以下生物：
l 鮑曼不動桿菌
l 蠟狀芽孢桿菌
l 枯草芽孢桿菌
l 洋蔥伯克霍爾德菌復合體
l 布魯氏菌屬
l 彎曲桿菌-空腸彎曲菌
l 檸檬桿菌屬
l 艱難梭菌
l 克氏桿菌屬。
l 陰溝腸桿菌
l 糞腸球菌
l 糞腸球菌
l 葡萄球菌
l 大腸桿菌/志賀氏菌
l 圖拉弗朗西斯菌
l 產氣克雷伯菌
l 產酸克雷伯菌
l 肺炎克雷伯菌
l 嗜肺軍團菌
l 李斯特菌
l 微球菌屬。
l 牛分枝桿菌
l 麻風分枝桿菌
l 結核分枝桿菌
l 淋球菌
l 銅綠假單胞菌
l 腸沙門氏菌
l 粘質沙雷氏菌
l 金黃色葡萄球菌
l 表皮葡萄球菌
l 假中間葡萄球菌
l 化膿性鏈球菌
目前正在開發以下wgMLST分析框架，并將很快提供：
l 百日咳博德特氏菌
l 肉毒梭菌
l 膿腫分枝桿菌
l 奈瑟菌屬
l 嗜麥芽單胞菌
l 弧菌
l 耶爾森氏菌
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