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    內轉錄間隔區系統發育分型

    內轉錄間隔區(ITS)是核糖體轉錄的區域,在成熟過程中會被切除并降解。它們的序列通常比核糖體序列顯示出更多的變異,從而使其廣泛用于系統發育分析和/或鑒定物種和菌株。尤其對于真菌而言,這是一種廣泛使用的鑒定技術,因為基于形態特征進行鑒定很費力,而且通常不會得到正確的結果。所使用的區域通常是ITS和核糖體序列的組合,并且通常由(部分)18S rRNA序列(原核生物為16S rRNA)、內轉錄間隔區(ITS1)、5.8s rRNA的整個序列、內轉錄間隔區(ITS2)和28s rRNA的(部分)序列組成。在公共數據庫(例如NCBI和EBI)上可以找到許多ITS序列。

    Bionumerics軟件中ITS的分析流程

    BioNumerics中,可以使用批處理序列拼接插件從跟蹤文件中批量導入ITS序列??梢詮墓矓祿旌?或fasta或GenBank文件中導入參考序列。

    Needleman-Wunsch,Wilbur-Lipman和Bionumerics的專有算法可以使用多種算法對序列進行多重序列比對??梢?/span>人工調整比對參數設置?;诙嘀?/span>序列比對,可以進行聚類以反映所分析序列之間的系統發育關系。

    Comparison of ITS sequences

    當比較大量序列時,UPGMA或鄰位相鄰的樹狀圖不能很好地概述數據。在這些情況下,無根樹提供了更好的解決方案,在BioNumerics中,可以從序列數據開始計算最小生成樹、最大似然樹和最大簡約樹??梢詾閿祿x不同的組,這些組在樹中可視化展示,從而很好地概述了系統發育關系、數據庫中存在的聚類以及異常值。下圖顯示了基于ITS序列的最小生成樹,各組代表不同的屬。

    Minimum Spanning Tree based on ITS sequences

    ITS序列還可用于根據數據庫識別未知生物。 使用分類鑒定模塊,用戶可以創建包含已識別菌株的識別項目,并使用這些項目來識別未知菌株,將基于相似度以及評分的可靠性來分配得分。用戶可以完全自定義用于比較的參數和用于鑒定的臨界值。

     

     

     

     

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    2020年5月8日 16:36
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