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    多態VNTR的序列分型

    可變數目串聯重復序列(VNTR)因其高突變率而聞名,因此被廣泛用于亞型分析。但是,某些VNTR在其單個重復序列中表現出多態性。通過對多態重復序列進行測序,可以為每個確定的新重復變異指定一個唯一的重復代碼。選定菌株的重復序列編號的排列決定了該菌株的VNTR類型。

    已經在各種傳染性細菌中探索了多態性VNTR區,以便在醫院和暴發場所快速、便攜且廉價地進行亞型分析。毫無疑問,最著名的例子是spa分型,它廣泛用于金黃色葡萄球菌的亞型分型。由于spa分型在標準化、服務器同步和各種其他設置方面的特殊性,因此BioNumerics中提供了單獨的spa分型插件。

    下面是金黃色葡萄球菌多態VNTR dru分型的示例。

    dru typing example

    Bionumerics中多態VNTR分型分析

            該插件提供與spa分型插件相同的功能。但是,盡管spa分型插件是為使用標準化工作流程進行常規分析而設計的,但多態VNTR分型插件卻是一種研究工具,它允許(并要求)用戶定義各種設置。其中包括VNTR的名稱、開始和停止剪切位置,以及重復和重復排列(基于文件或URL)的定義??梢砸越M合方式為同一生物定義、比較和分析多個多態性VNTR。

    從原始測序跟蹤文件的導入到重復代碼和重復排列號類型的分配,BioNumerics提供了一個完全自動化的工作流程。工作流程中的所有問題或警告都會報告,只需單擊鼠標即可解決。BioNumerics可以自動將重復和重復排列號類型簽名與服務器(如果已定義)同步?;蛘咴谘芯侩A段,用戶可以手動添加類型。

    此外,BioNumerics提供了一個豐富的數據庫和分析平臺,可以將多個多態性VNTR序列類型數據集進行比較、聚類和分析,或者與其他子類型數據(例如MLST,PFGE和任何其他表型,基因型,流行病學和地理數據)一起進行比較、聚類和分析。

    BioNumerics多態VNTR分型插件已用于開發多種基于VNTR的分型技術,例如艱難梭菌(Clostridium difficile)的TR6和TR10分型(參見BMC Microbiology 2009,9:6)和金黃色葡萄球菌(staphylococcus aureus)的dru分型。

    簡易的數據庫設置

    Plugin setup

    安裝插件時,BioNumerics允許您定義要使用的VNTR,每個VNTR的剪切位置、數據庫字段,拼接的設置以及可選的重復或重復排列類型的文件或服務器URL:

    l                      分別為VNTR序列和重復序列創建了序列和字符實驗。

    l                      開始和停止剪切位置存儲在拼接模板中,但用戶可以在適當的時候進行更改。

    l                      如果上載服務器需要,則可以應用堿基識別質量控制設置(基于PHRED)。

    l                      為重復排列和VNTR類型創建信息字段。

    l                      如果服務器的URL更改,則用戶可以隨時定義和更改重復序列和類型的服務器URL。

    l                      該軟件會在安裝時以及在用戶要求的任何時候自動下載重復序列和類型的定義。


    全自動的工作流程

    Sequence assembly report

    l                      自動從各種來源(AB,Beckman,Amersham,FASTA)批量導入和拼接測序跟蹤文件;使用解析定義將文件名解析為菌株和基因信息。

    l                      使用開始和停止簽名自動剪切一致性序列,并按正確的方向放置。

    l                      批量拼接完成后,將顯示概述報告,列出每種菌株/基因組合的狀態。

    l                      雙擊問題重疊群以顯示詳細信息窗口。

    Assembler window

    l                      雙擊一個特定的問題以選擇問題

    l                      位置打開拼接窗口。

    l                      對于每個未知或問題的重復序列,顯示最接近的現有重復序列和堿基的差異-使用色譜圖輕松驗證。

    l                      使用同步數據庫,可以將重復排列類型立即識別為VNTR類型。

    l                      對于新的(不存在)重復序列,用戶可以手動定義類型。

    l                      使用DSI比對模型和最小生成樹或系統發育聚類方法,在當今最精細、最全面的聚類分析應用程序中計算種群建模網絡。

    l                      計算和顯示克隆復合體的分區,并使用BioNumerics豐富的統計工具集。dru repeats

    Minimum Spanning Tree





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    2020年5月8日 16:36
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